في ظل النقص والتباطؤ الشديد الذي تعاني منه أعمال ترميم وصيانة المخطوطات والوثائق في سلطنة عمان مقابل الكم الكبير المحفوظ منها في الخزائن والمجموعات الخاصة، كان لا بد من استحداث مؤسسة متخصصة في صيانة أوعية التراث الفكري، وقد شجعت إدارة المركز إنشاء مؤسسة أخرى لهذا الغرض، وقدمت كافة أشكال التعاون الممكنة وصولًا إلى احتضان مبنى المركز الجديد لهذه المؤسسة، مع السعي الدائم إلى حفز أعمالها قدر الإمكان.

مشروع رقمنة المخطوطات بالمركز باستحداث قسم للرقمنة وتوفير التقنيات اللازمة منذ سنة 1438هـ/ 2017م ، وقد جرت رقمنة عشرات الألوف من المواد التي تنتمي إلى عشرات الخزائن والمجموعات الخاصة، وتضم تلك المواد المخطوطات والوثائق وأوائل المطبوعات والكتب النادرة والصحف والمجلات والصور. وتُستَخدم في أعمال الرقمنة أجهزة عالية الكفاءة تُخرِج المادة الرقمية بصيغ متعددة عالية الجودة، تُحفَظ في خادمات ذات سعات عالية.